병원 MSO 수수료의 적정성은 하나의 비율로 판정할 수 없습니다. 특수관계인 거래의 가격 문제와 실제 용역에 대한 비용 인정 문제를 나누어 확인해야 합니다. 시가와의 차액에 관한 3억원·5% 기준도 이 중 특정 부당행위계산 유형의 금액 요건입니다. 아래는 개인 의원이 MSO에 경영지원 대가를 지급할 때 확인할 순서와 법인 병원·MSO 측의 차이입니다.
먼저 거래 주체와 적용 조문을 구분합니다
MSO는 병원경영지원회사를 뜻하며, 여기서 수수료는 경영지원 용역의 대가입니다. 아래 조문은 MSO 전용 규정이 아니라 특수관계인 거래에 적용하는 일반 규정입니다.
| 거래 주체 | 검토하는 거래 | 주요 근거 |
|---|---|---|
| 개인 의원 원장 | 특수관계인의 용역을 높은 대가로 제공받음 | 소득세법 제41조·시행령 제98조 제2항 제3호 |
| 법인 병원 | 용역을 시가보다 높은 요율로 제공받음 | 법인세법 제52조·시행령 제88조 제1항 제7호 |
| MSO 법인 | 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 요율로 제공함 | 법인세법 제52조·시행령 제88조 제1항 제6호 |
각 행은 거래의 방향을 구분한 것입니다. 해당 거래에 실제 규정을 적용하는지는 특수관계, 조세 부담의 부당한 감소, 금액 요건과 조문상 예외를 함께 검토해야 합니다.
1단계: 개인 원장과 MSO의 관계 확인
소득세법 시행령 제98조 제1항은 국세기본법 시행령 제1조의2의 친족·경제적 연관·경영지배 관계 규정을 연결합니다. 가족의 참여 여부만 확인해서는 결론을 낼 수 없습니다.
친족관계에는 4촌 이내의 혈족, 3촌 이내의 인척, 배우자 등이 포함됩니다. 배우자는 사실상 혼인관계도 포함하며, 이는 친족 범위의 전체 목록을 옮긴 것은 아닙니다.
개인 원장이 직접 또는 친족·경제적 연관관계 등을 통해 MSO의 경영을 지배하는지도 확인합니다. 영리법인의 지배적 영향력에는 30% 이상 출자와 임원 임면·사업방침 결정 등 사실상 영향력 기준이 있으므로, 지분율 하나만 보고 제외할 수 없습니다.
2단계: 업무를 특정하고 시가 산정 방식 확인
먼저 MSO가 수행할 업무를 분리해 적습니다. 직무 구분은 정원세무회계가 먼저 보는 실무 검토 기준이며, 그 자체가 법령상 허용 요건이거나 적법성 보장은 아닙니다.
시가는 특수관계 없는 당사자 사이의 정상적인 거래 가격을 기준으로 합니다. 법인세법 시행령 제89조 제1항은 유사한 상황의 계속적 거래 가격이나 독립된 제3자 간 일반 거래 가격이 있는 경우 이를 따르도록 합니다.
같은 조 제1항·제2항을 적용할 수 없는 용역은 제4항 제2호에 따라 원가에 유사 용역 수익률을 반영합니다. 외부 견적을 못 찾았다는 사실만으로 이 단계에 바로 들어가는 것으로 단순화하지 않아야 합니다.
시가 = 원가 + (원가 × 유사 용역 수익률)
원가: 직접비와 간접비 포함
수익률: (매출액 − 원가) ÷ 원가
비교 수익률은 해당 사업연도의 특수관계 없는 상대방과의 유사 용역 거래 또는 독립된 제3자 간 일반 용역 거래를 기준으로 합니다. 개인의 해당 용역 거래에도 소득세법 시행령 제98조 제4항을 통해 관련 규정을 준용합니다.
3단계: 3억원·5% 기준의 적용 범위 확인
개인 의원이 특수관계인에게 용역 대가를 높게 지급하는 유형 등에서는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인지 봅니다. 법인세법 시행령 제88조 제3항도 열거된 거래 유형에 이 금액 요건을 둡니다.
따라서 5%는 매출 대비 수수료율이 아니며, 3억원은 수수료 총액의 상한도 아닙니다. 비교의 출발점은 먼저 산정한 시가입니다.
두 기준 중 하나를 충족하면 금액 요건에 해당합니다. 이것만으로 부당행위계산 적용이 확정되는 것은 아니고, 반대로 두 기준 모두에 못 미친다고 모든 부당행위계산 유형이나 다른 세무 문제에서 제외되는 것도 아닙니다.
4단계: 비용 인정과 의료법을 각각 점검
개인 의원의 필요경비는 소득세법 제27조, 법인의 손금은 법인세법 제19조 등을 봅니다. 국세기본법 제14조의 실질과세 원칙도 함께 고려하므로, 계약 명칭만으로 실제 제공받은 용역을 대신 설명할 수 없습니다.
업무 범위·대가 산식·기간이 담긴 계약서와 담당자·시간·결과물 기록, 세금계산서·이체 내역을 함께 정리합니다. 사업 관련성·통상성과 실제 수행을 확인할 수 있도록 준비하는 것이 핵심입니다.
의료법 제33조 제2항의 개설 주체 목록에는 일반 영리회사 형태의 MSO가 포함되지 않습니다. 제27조 제3항의 영리 목적 환자 소개·알선·유인 금지에는 일부 예외가 있지만, 마케팅 계약이라는 명칭만으로 그 예외에 해당하는 것은 아닙니다.
따라서 병원 개설·운영과 환자 모집에 관한 구조는 의료법 전문가에게 별도로 확인해야 합니다. 세무 검토와 의료법 검토의 결론을 서로 대신할 수 없습니다.
자주 묻는 질문
매출에 연동하는 수수료 계약이면 잘못된 것인가요?
그 방식 자체만으로 적정성을 판단할 수는 없습니다. 산식으로 계산한 대가가 실제 용역과 시가에 비추어 설명되는지 확인해야 합니다.
차액이 시가의 5% 미만이면 검토가 끝나나요?
아닙니다. 차액 3억원 기준도 함께 보며, 해당 금액 요건을 충족하지 않아도 비용 인정과 의료법 문제는 별도로 남습니다.
가족이 주주인데 지분이 적으면 특수관계가 아닌가요?
지분율만으로 판단할 수 없습니다. 원장을 기준으로 연결되는 친족·경제적 관계와 실제 경영 영향력을 포함해 확인합니다.
세무 상담에는 무엇을 가져가면 되나요?
직무 분담표, 비교 거래·견적, 원가·수익률 자료, 주주·임원 현황을 준비합니다. 이미 운영 중이라면 계약서와 업무 수행·지급 기록도 함께 정리합니다.
이 자료로 특정 수수료율의 안전성을 판정할 수 있나요?
할 수 없습니다. 개별 계약의 적정성과 특수관계인 해당 여부는 사실관계에 따라 달라집니다. 세무조사 대상 선정, 의료법의 전체 제한·벌칙·행정처분·판례는 이 글의 검토 범위가 아닙니다.
근거: 소득세법 제27조·제41조 및 시행령 제98조, 법인세법 제19조·제52조 및 시행령 제88조·제89조, 국세기본법 제14조 및 시행령 제1조의2, 의료법 제27조 제3항·제33조 제2항.
정원세무회계 원문을 바탕으로 재구성했습니다. 원문 작성: 박훈 세무사 / 원문 확인일: 2026-10-02 / 위 주요 조문 재확인: 2026-10-16. 개별 적용은 전문가 확인이 필요합니다.
원문/관련 글: 적용 범위와 근거 조문을 정리한 정원세무회계 원문입니다.